La storia del nuovo millennio
La squadra granata riesce a raggiungere la promozione in Serie A al termine della stagione 1997/98 grazie ai gol del capocannoniere Marco Di Vaio e di Edoardo Artistico, nonché al contributo offerto dal centrocampista e capitano granata Roberto Breda sotto la guida del tecnico Delio Rossi soprannominato dai tifosi “Il Profeta” e del presidente Aniello Aliberti. Vengono battuti i record di punti (72) e di gol segnati (65). La promozione della Salernitana nel campionato di massima serie è accompagnata da grandi festeggiamenti per tutta l'estate, sebbene la gioia sia funestata da un tragico evento: l'alluvione di Sarno nel maggio del 1998. Il campionato di Serie A 1998/99 vede la Salernitana soffrire e lottare per raggiungere l'obiettivo salvezza, che per un solo punto non riesce ad ottenere. Gli uomini principali di quella stagione agonistica, che hanno visto i granata imporsi a testa alta sui campi di gioco più prestigiosi, sono soprattutto Marco Di Vaio, Salvatore Fresi, Gennaro Gattuso, Ighli Vannucchi, Roberto Breda, Vittorio Tosto, Rigobert Song, Giacomo Tedesco e David Di Michele. L'avventura della Serie A per i tifosi della Salernitana si chiude tragicamente: nel rogo del treno che riportava i tifosi della Salernitana in città dopo l'ultima partita di campionato a Piacenza, il 24 maggio 1999, perdono la vita quattro ragazzi salernitani, tra i quali Simone Vitale, portiere della squadra di pallanuoto salernitana, nel tentativo di portare in salvo altre persone. Inoltre un altro brutto episodio macchia la stagione dei granata. Durante la partita di Coppa UEFA tra Fiorentina e Grasshoppers (disputata all'Arechi per squalifica del campo dei viola), alcuni tifosi campani gettano un petardo provocando la interruzione del match e l'eliminazione a tavolino della Fiorentina, alla quale viene imputata la responsabilità oggettiva nonostante non giocasse sul terreno abituale. La UEFA punirà anche i granata con l'esclusione dalle coppe europee per due anni, un provvedimento che avrebbe potuto essere influente se la Salernitana si fosse salvata raggiungendo i posti utili per la Coppa Intertoto, in quanto il presidente Aliberti era intenzionato a iscrivervi la squadra.
Dopo la retrocessione in B, si alternano sulla panchina granata Cadregari e Cagni nel 1999/2000, Oddo e Sonetti l'anno seguente. Nella stagione 2001/2002, la Salernitana ingaggia Zdenek Zeman, che condurrà la squadra granata al 6° posto in Serie B, ma la sua avventura si conclude la stagione successiva, al termine di un disastroso girone d'andata. Franco Varrella, sostituto del tecnico boemo, non riesce ad evitare la retrocessione della squadra in Serie C1. In seguito a una vicenda sportivo-giudiziaria (il "caso Catania") che si protrae per tutta l'estate, la Salernitana viene ripescata in B con Catania, Genoa e Fiorentina. Al termine del campionato 2004/05, la Salernitana, dopo una stagione a fasi alterne, pur conquistando la salvezza nelle ultime giornate grazie ai gol del giovanissimo Raffaele Palladino, ai dribbling di Davide Bombardini e al lavoro di Angelo Gregucci, non viene ammessa, per ragioni finanziarie, al campionato di Serie B. Iscritta al campionato di Terza Categoria, la Salernitana, trainata dal giovane bomber De Rosa e da un discreto pubblico, vola in testa alla classifica fino a quando la FIGC non le revoca l'affiliazione dopo decenni di militanza nei campionati professionistici, stante la messa in liquidazione da parte del tribunale